Иглорефлексотерапия при артрите назначается только после первичной консультации, осмотра и сбора анамнеза. Состояния, при которых процедура может быть противопоказана или перенесена: острые инфекционные заболевания, высокая температура, тяжёлое обострение хронической болезни. При нарушениях свёртываемости крови, кровотечениях или приёме препаратов, влияющих на свёртывание, беременности, в послеоперационный период — решение принимает врач.
ИРТ также противопоказана при наличии повреждений, воспаления, инфекции кожи в зоне предполагаемой постановки игл; некоторых онкозаболеваниях, тяжелых психических расстройствах. При грамотном выполнении иглоукалывание обычно переносится хорошо; возможны кратковременная болезненность, небольшое покраснение или синяк в зоне воздействия.